Zoids adalah mesin tempur seperti binatang yang digunakan baik dalam pemakaian sehari-hari seperti transportasi, dan penggunaan khusus seperti perang. Beberapa jenis Zoids, dikenal sebagai Organoids, adalah Zoids miniatur yang merupakan organisme hidup. Organoids ini memiliki kemampuan untuk menyatu dengan Zoid yang tidak hidup dan membuatnya jauh lebih kuat.
Van (Ban) Freiheit menemukan Zoid Organoid di laboratorium yang ditinggalkan saat berlari dari dua orang asing yang melakukan uji coba Zoids. Juga di laboratorium, dan didalam sana juga ada seorang gadis cantik yang terkurung dalam sebuah tabung aneh. Dia membuka tabungnya dan membawanya serta Organoid pergi bersamanya. Melihat Shield Liger Zoid yang rusak di luar di dekatnya, Organoid menyatu dengannya dan memperbaiki kerusakannya. Dengan melarikan diri, Van menamai Organoid Zeke, dan memutuskan untuk menjaganya sebagai teman. Gadis itu, yang mengatakan namanya Fiona, ingin menemukan sesuatu yang disebut Zoids Eve, jadi Van, Zeke, dan Fiona memulai petualangan mereka.
