Zipang bercerita tentang sebuah kapal Mirai yang merupakan perusak rudal yang dipuji di kelas richter yang didukung Kongou , adalah salah satu kapal yang paling canggih dan terbaru di Pertahan Tentara Jepang (SDF) . Awaknya , juga salah satu yang terbaru , dipimpin oleh Kapten Umezu Saburo dan Pejabat Eksekutif Kadomatsu Yosuke .
Saat menjalankan latihan latihan terjadwal pada suatu hari , Mirai menghadapi badai dahsyat yang membuat sistem navigasi mereka berantakan untuk sementara . Setelah beberapa menit berhasil pulih , para kru terkejut saat mengetahui bahwa mereka telah dibawa kemasa lalu tepat nya pada tanggal 4 Juni 1942 – Pertempuran Midway , selama Perang Dunia II . Membiarkan sejarah mengambil jalannya untuk pertempuran ini , mereka berhasil menghindari konflik secara langsung dan membuat sejarah agar tidak merubah sejarah sedikit pun . Namun , saat kru menemui Panglima Letnan Muda Kusaka Takumi , XO . Naluri Kadomatsu untuk menyelamatkan nyawa akan memakan waktu lama , mengubah jalannya sejarah lebih dari yang bisa dibayangkannya .
