Yakitate!! Japan menceritakan Azuma Kazuma, seorang remaja yang berkeinginan untuk membuat roti spesial buatan Jepang yang disebut Japan. Ia pergi ke Tokyo untuk menambah keahliannya dan bergabung dengan bakery terkenal di Jepang, Pantasia.
Di awal cerita, ia harus mengikuti seleksi terlebih dahulu dan bertemu dengan Kawachi Kyousuke yang usil padanya, namun ia mengundurkan diri sewaktu final ketika melawan Kai Suwabara, seorang samurai yang juga artisan roti. Tsukino Azusagawa, cucu dari Direktur Pantasia, melihat bakat Azuma dan mengajak mereka bekerja di Pantasia cabang Tokyo Selatan, yang dimilikinya dan dikelola oleh Manajernya, Ken Matsushiro. Azuma yang merupakan artisan roti yang berbakat, sejak kecil ia memiliki keahlian yang hanya sedikit orang yang memilikinya, yaitu Solar Hands yang diartikan Tangan Matahari.
Solar Hands adalah suatu keahlian di mana telapak tangan pemiliknya menjadi hangat sesuai suhu tubuh bagian dalamnya. Biasanya pada orang kebanyakan suhu telapak tangan sedikit lebih rendah dibandingkan suhu tubuh bagian dalam. Hal ini dikarenakan pada saat darah menyebar ke bagian tangan, darah melepaskan kalor karena terpengaruh suhu luar tubuh, namun pada pemilik Solar Hands ini darahnya memiliki suatu kekuatan untuk menjaga suhu tangannya tetap hangat.
Lalu apa hubungannya dengan pembuatan roti? Jelas ada, karena jika adonan roti yang beragi diolah pada suhu yang dingin, ragi tersebut tidak akan berkembang karena ragi tidak tahan terhadap suhu dingin. Walaupun suhu ruangan sudah cukup hangat, namun apabila tangan seorang pembuat roti terlalu dingin, maka akan sulit untuk menguleni adonan roti agar dapat mengembang dengan pas. Maka dengan Solar Hands, dan apabila ditunjang dengan suhu ruangan yang hangat maka akan dapat membantu ragi mengembangkan adonan dengan lebih cepat dari biasanya.
Walaupun Yakitate!! Japan memfokuskan ceritanya pada roti, namun banyak kejadian lucu dan menarik dari kisah ini, misalnya saja reaksi-reaksi (Reaction) para Judge (Juri) setelah memakan roti-roti yang telah dibuat. Tentu saja hal ini mengakibatkan cerita ini sangat disukai karena salah satu di antaranya reaksi-reaksinya yang sangat lucu dan terlalu melodramatik. –
