Seorang penyendiri sekolah menengah diberi pekerjaan paruh waktu seumur hidup sebagai ninja modern yang ditugaskan untuk melakukan pembunuhan internasional.
Setelah Perang Dunia II, Komando Sekutu di Jepang mengembangkan badan baru untuk membantu mengelola terorisme dan kekerasan di kawasan Pasifik. Agensi ini dikelola oleh ninja dan mereka awalnya ditugaskan untuk menangani urusan rumah tangga. Akhirnya program itu tumbuh ke bentuknya saat ini, mengelola 20.000 ninja di berbagai urusan domestik dan internasional. Salah satu ninja itu kebetulan adalah Kudo. Pecundang sekolah menengah berusia tujuh belas tahun itu sekarang siap menjadi garis pertahanan berikutnya melawan potensi lonjakan pembunuh asing yang menyerang Tokyo.
