Uchuu Senkan Yamato 2205: Aratanaru Tabidachi Gamilan menghadapi rintangan terbesar mereka: planet mereka sekarat dengan kecepatan yang mengkhawatirkan. Untuk menyelamatkan rakyatnya dan memindahkan mereka ke tanah yang layak huni, Aberdt Desler berpura-pura tunduk pada aturan planet Galman yang menindas, yang menampung ras yang hampir identik dengan Gamilan. Tujuan Desler yang sebenarnya adalah merebut kendali dan mempercepat penyelamatan bangsanya. Namun, saat Gamilan memulai migrasi mereka, kekuatan besar tak dikenal menyerang mereka dan membengkokkan planet kembar mereka—Iscandar, rumah Ratu Starsha.
Sementara itu, Bumi sedang merayakan keberhasilan Space Battleship Yamato yang luar biasa dan kru heroiknya. Generasi baru rekrutan yang menjanjikan bergabung dengan Yamato dan dua kapal pendukung barunya, dipimpin oleh Yuki Mori dan Shirou Sanada. Namun tidak semua orang setuju dengan keputusan masa lalu kaptennya, Susumu Kodai. Selama enam bulan misi pelatihan Yamato dan pertemuan diplomatik dengan Gamilans, kru belajar dari bencana baru-baru ini, dan bertentangan dengan semua perintah, Kodai memerintahkan armada ke Iscandar untuk membantu para pengungsi yang masih hidup.
