Tokyo Godfathers anime ini berpusat pada 3 gelandangan yang mengalami hal aneh di malam natal. Ketika mereka sedang mencari sesuatu yang bisa di pakai, mereka malah menemukan bayi yang baru saja di lahirkan. Meskipun tidak punya apa-apa, ketiganya membawa bayi itu dan menamainya Kiyoko, yang berarti Murni.
Mereka mulai mencari orang tua bayi tersebut dengan mengandalkan barang-barang yang ada di sekitar Kiyoko. Tetapi malam di kota tersebut sedang ramai-ramai nya dan juga kota tersebut sangat lah luas. Sebelum mereka menyadarinya, ketiganya mulai terjerat dalam serangkaian hal lucu dan aneh termasuk penculikan, pembunuhan dan amplop merah misterius.
Ketiga gelandangan tersebut adalah Hana waria yang baik hati, remaja yang melarikan diri dari rumah Miyuki dan Gin yang sering melakukan hal ceroboh. Membuat mereka tidak mungkin merawat bayi tersebut, lebih memutuskan untuk mencari keberadaan orang tua nya. Anime ini akan memperlihatkan pejuangan mereka di malam yang panjang, secara bersamaan mereka juga akan menyadari siapa diri mereka sebenar nya. Apa saja kesalahan mereka yang membuat mereka jadi terbuang ke jalanan. Gimana kelanjutan kisah mereka bertiga? Kita lihat saja!
