Enam bulan telah berlalu sejak kemenangan Pertempuran Britannia dan reklamasi Gallia dari penjajah Neuroi. Yoshika Miyafuji, anggota Joint Fighter Wing ke-501 yang terkenal, telah pulang ke Fuso dan lulus dari sekolah menengah.
Namun, pertarungannya masih jauh dari selesai. Dia menerima surat yang diduga dikirim oleh ayahnya yang telah lama meninggal, berisi cetak biru Unit Striker canggih yang telah dia kerjakan sebelum kematiannya. Unit, yang dirancang khusus untuk Yoshika, mungkin mampu memanfaatkan kekuatan magisnya yang luar biasa.
Sementara itu, ancaman baru di Eropa meningkat. Sarang Neuroi dengan ukuran dan kekuatan yang belum pernah terjadi sebelumnya telah muncul di atas Venezia, memusnahkan pasukan Penyihir lokal dan langsung menelan bagian utara negara itu. Lebih buruk lagi, jenis humanoid Neuroi yang baru terlihat sedang mencoba untuk bersentuhan dengan manusia.
Yoshika, yang tidak mampu meninggalkan teman-temannya di garis depan, sekali lagi harus menjelajah ke benua yang dilanda perang.
