Skull Man anime ini berlatar belakang di Otomo City: di mana kebebasan dan keadilan telah berhenti di sana, dan semua nya bagaikan menjadi tulang yang hampa dan dingin . Di mana konspirasi di pagi hari mempermainkan masyarakat dan kematian membuntuti di malam hari nya … Kematian yang mengatas namakan Skull Man, menimbulkan kekacauan dan pembunuhan mengerikan, bahkan pada pembunuhan tersebut terjadi pada mutan mengerikan yang menghantui kota bawah tanah!
Untuk menyelidiki pembantaian yang ganjil, wartawan Minagami Hayato dan fotografer Kiriko Mamiya harus mengintai pemangsa terakhir ini , melalui bangkai mayat sebuah kota di mana di dalam nya mengalir uang-uang haram di sungai dengan darah orang-orang yang tidak berdosa . Seperti dosa-dosa elit yang berkuasa dan menggali rahasia begitu mengejutkan bahwa seluruh kota telah diubah menjadi kuburan! Dalam nekropolis mimpi buruk di mana tidak ada yang terlihat dengan jelas!
