Sidonia no Kishi (Knights of Sidonia) bercerita tentang setelah menghancurkan Bumi beberapa tahun yang lalu, yang menyebabkan umat manusia yang tersisa harus lari keluar angkasa . Tapi pelarian tersebut ternyata tidak ada gunanya ras alien Gauna telah mengejar kemanusiaan yang tersisa yang berada di luar angkasa . setelah lolos secara dramatis sekelompok manusia yang berhasi bertahan hidup , melarikan diri melintasi galaksi di beberapa kapal induk raksa-raksa . Pada tahun 3394, Nagate Tanikaze salah satu orang yang selamat dan berada di kapal induk Sidonia , sedang mencari makanan dan dia tidak menyadari kalau sudah terlibat dalam hal yang mungkin tidak ingin dia mau .
Ketika Gauna memulai serangan mereka ke Sidonia , terserah kepada Tanikaze dengan bantuan rekan-rekannya Shizuka Hoshijiro , Izana Shinatose, dan Yuhata Midorikawa untuk mempertahankan harapan terakhir manusia untuk bertahan hidup dan mengalahkan musuh-musuh asing mereka. Sidonia no Kishi mengikuti Tanikaze saat dia menemukan dunia yang telah berada di atas seluruh hidupnya dan menjadi pahlawan yang dibutuhkan Sidonia .
Sidonia no Kishi: Daikyuu Wakusei Seneki adalah season 2 dari seri anime ini yang bererita setelah berhasil lolos dari serangan para Gauna dan dari astoroid . Sidonia memutuskan untuk menghacurkan sarang dari Gauna . [Knights of Sidonia: Battle for Planet Nine, Knights of Sidonia: War of the Ninth Planet, Sidonia no Kishi: Dai-kyuu Wakusei Seneki]
