Shuffle menceritakan ketika dunia Para Dewa, Iblis dan Manusia hidup berdampingan karena dinding penghalang antara dunia mereka telah dibuka. Seorang pemuda bernama Tsuchimi Rin, siswa dari SMA Verbena, menghabiskan hari-harinya dan hidup dengan damai bersama Kaede teman masa kecilnya. Lalu tanpa diduga, suatu hari Raja Dewa, Raja Iblis beserta keluarganya pindah dan menjadi tetangga Rin (aneh bin ajaib wkwkw).
Rupanya anak dari Raja Dewa, Sia, dan putri dari Raja Iblis, Nerine, Seiring dengan persahabatan yang menyenangkan dengan kedua nya, Rin mendapatkan perhatian dari masing-masing anak perempuan tersebut.
