Shingetsutan Tsukihime bercerita tentang, Shiki Tohno menderita cedera yang mengancam kehidupan sebagai seorang anak , dan karena kejadian itu ia diusir dari rumah tangga Tohno dan diberikan kepada seorang kerabat untuk dibesarkan . Bertahun-tahun kemudian , ketika Shiki di sekolah tinggi , kepala rumah tangga Tohno -ayahnya – meninggal , dan ia diperintahkan untuk memindahkan kembali oleh adiknya Akiha , yang adalah kepala rumah tangga baru . Namun, Shiki memegang rahasia besar . Sejak cedera itu, ia telah melihat garis-garis pada objek dan hanya dengan sepasang kacamata khusus dia bisa berhenti melihat mereka . Juga ia tidak dapat mengingat apa pun baik dari saat sebelum kecelakaan.
Hari ia bergerak kembali ke rumah Tohno adalah hari ia tersandung pada seorang wanita bernama Arcueid Brunstud dan decapitates dia dengan satu tusukan pisaunya di cocok sementara kegilaan . Ketika dia tiba-tiba muncul di sampingnya kemudian hidup dan sehat , dan memintanya untuk menjadi pengawalnya , perjalanan Shiki untuk mengungkap misteri masa lalunya dimulai .
