Shakugan no Shana bercerita tentang Dahulu kala, seorang penyair menemukan bahwa ada makhluk-makhluk yang bukan penghuni dunia ini membaur di tengah-tengah manusia. Mereka berasal dari dunia lain yang kemudian disebut sebagai Guze [arti harafiahnya: ‘Dunia Merah’] oleh sang penyair. Para penghuni Guze yang menyeberang ke dunia manusia disebut Guze no Tomogara. Untuk dapat bertahan dan melakukan berbagai hal di dunia manusia, para Tomogara membutuhkan kekuatan yang disebut Sonzai no Chikara atau kekuatan eksistensi manusia.
Beberapa tahun berlalu, suatu hari, gadis Flame Haze tak bernama ini menemukan seorang Tomogara yang memangsa banyak sekali manusia di sebuah kota di Jepang. Salah satu korbannya adalah Sakai Yuji, seorang siswa SMA biasa. Saat dia menyaksikan rinne memakani sonzai no chikara dari orang-orang itu, Yuuji dengan kebingungan berteriak untuk menghentikannya dan menarik perhatian rinne tersebut yang segera menyadari bahwa Yuuji adalah seorang mistess dengan hougu dalam tubuhnya yang membuat dia bisa bergerak dalam fuzetsu.
Shakugan no Shana II yang merupakan season 2 dari seri ini bercerita tentang Shana, Alastor dan Lord dari Realm Crimson, terus melakukan pertempuran dengan Denizen, yang mencoba untuk mencuri Kekuatan dari Keberadaan manusia. Dalam pertempuran terakhir, Yuji diturunkan menjadi Mystes, sebuah “obor” yang memiliki kekuatan hampir tak terbatas. Karena Denizen ingin menangkap Yuji dan menggunakan dia untuk mengganggu keseimbangan Realm, Shana memutuskan untuk melindungi Yuji. Yuji kemudian bersumpah untuk bergabung bersama Shana dalam perjuangannya.
Shakugan no Shana III season 3 dan juga seri Final dari anime Shakugan no Shana yang bercerita Yuji menghilang saat malam naas, dia seharusnya memilih antara kehidupan memerangi kejahatan di sisi Shana atau sebagai remaja normal. Dia kembali dari mati suri untuk memimpin Penghuni Crimson dalam plot untuk membawa perdamaian ke alam semesta, tetapi Shana tidak mudah tertipu. Dalam reuni itu, prajurit api menghadapi musuh yang tidak disukainya sementara api Hazes dari seluruh dunia bergabung untuk memicu perang yang akan menentukan nasib dari semua jenis sihir.
