Akademi Hanzo adalah sekolah bergengsi dengan rahasia yang hanya diketahui oleh beberapa orang terpilih. Di balik dindingnya ada kursus pelatihan shinobi (Ninja). Yaitu Mata-mata dan pembunuh bayaran terlatih yang berabad-abad yang lalu telah melayani shogun untuk kebutuhan politik dan militer mereka. Hari ini tradisi berlanjut dengan lima murid perempuan muda terlatih dengan kepribadian yang beragam: Asuka yang bebas perawatan, Katsuragi yang galak namun sesat, Hibari yang manis dan polos, Yagyuu yang paling sabar dan protektif, dan perwakilan kelas mereka yang hebat dari yang lain adalah Ikaruga.
Senran Kagura bercerita tentang kelima gadis ini dan perjalanan rahasia mereka untuk menyelesaikan latihan shinobi mereka. Perjalanan dengan cepat menjadi lebih rumit daripada yang mereka duga meskipun ketika kelompok shinobi yang lebih gelap dan lebih jahat mengungkapkan diri mereka. Mereka tidak hanya mengenal gadis-gadis di Akademi Hanzo, tapi mereka tampaknya sepenuhnya bertekad dan mampu membuktikan diri sebagai shinobi modern yang superior.
Dengan mengasah kemampuan mereka, memanfaatkan kekuatan gulungan rahasia mereka untuk melakukan transformasi shinobi, dan bekerja sama sebagai sebuah tim, Asuka dan teman-temannya harus bangkit untuk menghadapi tantangan baru ini. Bukan hanya demi latihan mereka, tapi juga untuk semua yang dipesan oleh Akademi Hanzo.
