Sekirei bercerita tentang perjuangan remaja brilian Minato Sahashi telah gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi untuk kedua kalinya, sehingga dia dianggap tidak berharga oleh orang-orang di sekitarnya. Namun, jalannya masa depannya yang tampak suram berubah secara dramatis saat seorang wanita cantik dan supranatural jatuh dari langit dan ke dalam hidupnya. Wanita itu, Musubi, adalah makhluk unik yang dikenal sebagai “Sekirei”, makhluk luar angkasa humanoid dengan kemampuan luar biasa. Alien ini dikenal karena mencium manusia yang membawa gen Ashikabi untuk membangkitkan kekuatan hebat di dalam dirinya.
Mengetahui potensi dalam pemuda yang tampaknya tidak signifikan, Musubi mencium Minato yang kebingungan, memulai ikatan di antara keduanya. Ini menyeretnya ke dunia sekirei yang tinggi, di mana dia dan rekan barunya harus bersaing dengan orang lain dalam pertempuran untuk bertahan hidup yang disebut “Rencana Sekirei” Namun, tanpa sepengetahuan para kontestan, masih banyak risiko yang harus dihadapi kompetisi ini.
