Seirei no Moribito berkisah ketika puncak kekeringan terjadi di sebuah kerjaan. Seorang peramal dari Kekaisaran Shin Yogo, mereka harus menyusun rencana untuk menghindari kelaparan yang akan meluas. Menurut catatan lama yang ada di istina, kaisar pertama mengumpul kan 8 kesatria. Lalu mereka semua mengalahkan Iblis Air yang menyebabkan becana kekeringan. Jika iblis air muncul sekali lagi, mereka harus mengalahkan nya kembali. Namun, iblis air itu masuk kedalam tubuh putra kaisar, Pangeran Chagum — atas perintah kaisar, Chagum harus dikorbankan untuk menyelamatkan kekaisaran.
Sementara itu, tentara bayaran misterius tombak bernama Balsa tiba di Shin Yogo untuk urusan bisnis. Setelah menyelamatkan Chagum dari upaya pembunuhan terselubung, dia ditugaskan oleh ibu Chagum untuk melindunginya dari kaisar dan pemburunya. Terikat oleh sumpah suci yang pernah dibuatnya, Balsa menerima permintaan tersebut.
Seirei no Moribito mengikuti Balsa saat ia memulai perjalanannya untuk melindungi Chagum, menjelajahi keindahan kehidupan, alam, keluarga, dan ikatan yang terbentuk antara orang asing.
