Seikimatsu Occult Gakuin cerita dari anime ini berkisah tentang Maya , putri mantan Kepala Sekolah Akademi Waldstein, dan agen penjelajah waktu Fumiaki Uchida. Pada tahun 2012, dunia diserang oleh alien dan agen waktu dikirim kembali ke tahun 1999 untuk menemukan dan menghancurkan kunci Nostradamus, Nostradamus meramalkan akan terjadinya kiamat di tahun 2012. Kemudian pergi ke tahun 1999, di mana Maya kembali ke Akademi untuk menghancurkan Akademi dengan menggantikan posisi almarhum ayahnya sebagai kepala sekolah. Rencananya terputus saat dia bertemu Fumiaki dan belajar dari kehancuran yang akan datang. Meskipun curiga terhadap Fumiaki, mereka membuat kesepakatan untuk mencari kunci Nostradamus tersebut.
Untuk mencari kunci Nostradamus, Sang agen waktu dilengkapi dengan ponsel khusus. Ketika pengguna menemukan objek yang menarik, terpikir untuk menghancurkan objek itu dan mengambil fotonya, Jika gambar yang dihasilkan adalah dunia yang damai di masa depan, maka objek itu merupakan kunci Nostradamus. Dan jika sebaliknya, foto tersebut menampilkan kehancuran di masa depan maka objek tersebut bukanlah kunci Nostradamus,. Dengan menggunakan telepon, Maya dan Fumiaki menyelidiki kejadian gaib yang terjadi di kota.
