Ryuugajou Nanana no Maizoukin bercerita pulau Nanae adalah pulau buatan manusia di Samudra Pasifik yang menampung segala sesuatu yang diperlukan untuk pendidikan dan pelatihan anak-anak yang memiliki kemampuan di atas rata-rata . Tempat ini di buat oleh 7 orang mahasiswa yang sedang melakukan penelitan dan memutuskan untuk membuat hunian di situ yang di pinpin oleh Nanana Ryuugajou .
Cerita sendiri berpusat pada Juugo Yama seorang murid SMA yang tinggal di pulai ini setelah dirinya dikucilkan dan diasingkan oleh keluarganya dengan senang akhirnya bisa bebas dari ayahnya . Setelah memasuki ruangan barunya, dia menemukan hantu Nanana Ryuugajou , yang menuju ke pulau itu setelah pembunuhan yang belum terpecahkan 10 tahun yang lalu . Nanana mengatakan kepada Juugo bahwa sebelum kematiannya dia menyembunyikan barang-barang dengan kekuatan unik dan misterius di seluruh pulau-barang yang dikenal sebagai Koleksi Nanana . Berharap untuk menemukan petunjuk yang akan membantunya menemukan pelakunya di balik kematiannya , Juugo dengan bantuan memproklamirkan diri “Master Detective” Tensai Ikkyuu dan pembantunya yang merupakan crosdress Daruku Hoshino , memulai pencariannya .
