Sepuluh tahun telah berlalu sejak akhir Bakumatsu, era perang yang menyaksikan pemberontakan warga melawan Keshogunan Tokugawa. Kaum revolusioner ingin menciptakan masa damai, dan negara berkembang yang bebas dari penindasan. Era baru Meiji telah tiba, tetapi perdamaian belum tercapai. Pedang dilarang tetapi orang-orang masih dibunuh di jalanan. Anak yatim veteran perang tidak punya tempat untuk pergi, sementara pemerintah tampaknya puas hanya melapisi kantong mereka dengan uang.
Seorang samurai pengembara, Kenshin Himura, masih bekerja untuk memastikan nilai-nilai yang ia perjuangkan sepadan dengan nyawa yang dihabiskan untuk mewujudkan era baru. Setelah dikenal sebagai Hitokiri Battousai, ia ditakuti sebagai pembunuh paling kejam dari semua revolusioner. Sekarang dihantui oleh rasa bersalah, Kenshin telah bersumpah untuk tidak pernah membunuh lagi sebagai penebusan atas kehidupan yang dia ambil, dan dia mungkin tidak akan pernah tahu kedamaian sampai membunuh adalah sesuatu dari masa lalu.
