Rakuen Tsuihou: Expelled from Paradise bercerita di masa depan di mana bencana besar telah menghancurkan Bumi , sebagian besar umat manusia telah meninggalkan tubuh fisik mereka dan pindah ke bentuk digital yang di sebut DEVA , sebuah stasiun luar angkasa yang mengorbit planet yang porak poranda . Bebas dari keterbatasan eksistensi tradisional , seperti kematian dan kelaparan , penghuni realitas maya ini berada dalam kedamaian relatif sampai Frontier Setter , seorang hacker terampil , menginfiltrasi sistem dan menyebarkan pesan subversif kepada masyarakat .
Dilabeli ancaman keamanan oleh pihak berwenang , Frontier Setter dikejar oleh Angela Balzac , anggota yang berdedikasi dalam penegakan hukum DEVA . Ketika sinyal si hacker dilacak ke Bumi , Angela mengambil bentuk fisik , mentransfer kesadarannya ke tubuh kloning dan melakukan perjalanan ke dunia di bawah ini untuk menghadapi ancaman tersebut . Di Bumi , dia dibantu oleh Dingo , seorang agen karismatik dan selama perjalanannya untuk mengungkap misteri di balik Frontier Setter , dia secara bertahap menemukan kenyataan yang mengejutkan .