Ragnarök The Animation Kisah ini terjadi di Rune Midgard, sebuah dunia yang dihuni manusia dan monster. Suatu ketika terjadi suatu keanehan di mana banyak manusia yang terbunuh oleh segerombolan monster. Sejak itu suasana di Rune Midgard dipenuhi dengan peperangan antara manusia dan monster.
Roan adalah seorang swordsman yang berkelana bersama teman masa kecilnya, Yuufa yang memilih profesi menjadi acolyte. Roan menjadi swordsman karena ingin menjadi seorang knight seperti Keough, kakak Yuufa. Suatu ketika Roan, Yuufa, Keough serta Iruga (seorang assassin sahabat Keough) pergi ke Glast Heim karena ada sesuatu yang ingin mereka selidiki, tetapi Keough kemudian terbunuh oleh monster yang menjaga Glast Heim (dalam game monster itu bernama Abyssmal Knight).
