Pupa bercerita tentang 2 sodara kandung Utsutsu dan Yume Hasegawa yang di tinggal oleh kedua orang tua mereka yang sering berantam dan melakukan hal yang kasar . Sekarang mereka berdua hidup bersama tapi kehidupan sedih mereka terus berlanjut ketika mereka bertemu dengan sebuah kupu-kupu berwarna merah yang cantik dan ternyata kupu-kupu tersebut menyebarkan virus yang berbahaya yang di sebut “Pupa” .
Setelah terkena virus tersebut dan berhasil bertahan , Yume mengalami metamorfosis aneh menjadi makhluk mengerikan dengan keinginan selalu memakan daging apa saja . Sedangkan Utsutsu hanya terkena efek yang sedikit dia hanya mampu melakukan regeneratif yang luar biasa . Demi melindungi banyak orang dan Adek nya , Utsutsu rela menjadi daging segar bagi Yumi yang memiliki hawa napsu yang tinggi terhadap daging .
