Serebii, Pokémon Legendaris yang dikenal karena kemampuannya melintasi waktu, diburu oleh pemburu Pokémon yang tidak disebutkan namanya yang berusaha menangkapnya. Yukinari, seorang pelatih Pokémon muda yang suka menggambar potret Pokémon, mencoba melindungi Serebii setelah tersandung padanya; Namun di tengah pelariannya, keduanya menghilang tanpa jejak.
Empat puluh tahun kemudian, pelatih Pokémon yang ambisius Satoshi berharap untuk melihat Pokémon langka di sekitar daerah setempat. White, seorang sopir perahu, membawa Satoshi ke desanya. Satoshi ditemani oleh tiga teman terdekatnya: Takeshi, mantan pemimpin gym yang berlatih untuk menjadi peternak Pokémon yang hebat; Kasumi, seorang gadis muda yang ingin menjadi pelatih tipe Air yang terampil; dan Pikachu, mitra Pokémon Satoshi dan kawan pertama.
