Phantom bercerita tentang meraknya Mafia di Amerika di mana pembunuhan terlihat biasa saja di jala-jalan perkotaan . Inferno , perusahaan misterius , berada di belakang sebagian besar transaksi ini melalui penggunaan senjata manusia mereka yang hampir tak terkalahkan yang di sebutkan “Phantom” .
Suatu hari , seorang turis Jepang secara tidak sengaja menyaksikan pembunuhan terakhir Phantom . Putus asa untuk melarikan diri , para turis bersembunyi di sebuah bangunan terpencil . Namun , Phantom yang diwahyukan sebagai wanita muda bernama Ein dan pemimpin Inferno “Scythe Master” menangkap turis tersebut dan mencuci otaknya .
Dengan nama “Zwei” turis yang damai ini sekarang adalah boneka Inferno tanpa kenangan . Diambil ke dalam dunia kebohongan , tipu daya dan kekerasan , Zwei harus berjuang untuk bertahan hidup, mudah-mudahan suatu hari mendapatkan kembali kenangannya dan melarikan diri dari dunia ini dimana dia selalu berada di ambang kematian .
