Persona 3 the Movie 1: Spring of Birth bercerita Monster mengerikan yang bersembunyi di dalam kegelapan, memangsa siapapun yang masuk ke waktu tersembunyi yaitu Jam Kegelapan, yang letaknya di antara suatu hari dengan hari berikutnya. Menceritakan perjuangan sebuah klub rahasia sekolah bernama SEES melindungi manusia dari kengerian dan bencana sambil berusaha memecahkan misteri dibalik Jam Kegelapan.
Persona 3 the Movie 2: Midsummer Knight’s Dream kelanjutan dari movie yang sebulumnya masih menceritakan kelanjutan dari seri sebelumnya .
Persona 3 the Movie 3: Falling Down “Aku dapat mengerti sekarang… Kau takut akan kehilangan sesuatu?”
Musim berganti menjadi musim gugur. Pertarungan antara protagonist dan groupnya S.E.E.S. dengan monster asing yang dikenal sebagai Shadows akhirnya mencapai puncaknya. Makoto dan para sahabatnya harus terperangkap dalam pertarungan hidup-atau-mati dengan Shadows untuk menghentikan Dark Hour. Melalui pertarungan ini, mereka harus menghadapi kematian dari teman dan keluarganya, beberapa dari mereka harus memilih hal berharga apa yang harus mereka lindungi, and beberapa diantara mereka haru menemukan arti dari pertarungan yang sedang mereka lalui.
Di depan Makoto, seorang murid pindahan misterius bernama Ryoji Mochizuki pun muncul. Ketika group hendak menyambut pagi yang baru, roda takdir pun mulai berputar. Petarungan yang membutuhkan ikatan persahabatan antara setiap karakter dalam group itu pun dimulai
Persona 3 The Movie 4 : Winter of Rebirth Kehancuran akhirnya datang dan pasti datang. Tak bisa dihentikan. Mengenal kematian, menatap kematian, menghadapi kematian. Makoto dan teman-temannya memiliki hubungan yang semakin dekat berkat pertemuan dan kejadian yang mereka alami. Pertarungan mereka mungkin bukan untuk dunia, tapi demi mereka sendiri. Meski begitu, mereka terus bertarung, percaya jika perdamaian akan menanti di akhir pertarungan. Tapi, seorang bocah berkata jika kehancuran adalah takdir yang harus dipikul manusia. Bocah yang mereka anggap teman memberi tahukan fakta itu tanpa emosi di wajahnya. Musim berubah jadi musim dingin. Makoto membuat keputusan untuk menyambut musim semi yang telah menanti
