Naruto: Shippuuden Movie 6 bisa juga di bilang “Naruto Movie 9” kalau di hitung dari movie naruto kecil . Yang bercerita lebih dari sepuluh tahun yang lalu, Kyubi (Bijuu ekor 9) berhasil dibebaskan oleh pria bertopeng. Kyubi menyerang Desa Konoha (Konohagakure no sato) dan menyebabkan kerusakan yang besar. Hanya ada satu cara untuk melindungi desa dari ancaman kyubi, yaitu menyegel kyubi. Yondaime Hokage (Hokage ke4), Minato Namikaze dan Istrinya Kushina Uzumaki menyegel kyubi ke dalam tubuh anak mereka sendiri, yaitu Naruto. Mereka mengorbankan nyawa mereka demi keselamatan desa dan mempercayakan masa depan desa Konoha ke anak mereka, Naruto.
Waktu telah berlalu, dan anggota akatsuki yang merupakan kumpulan dari Shinobi Rank-S mulai bergerak. Akatsuki yang terdiri dari Pain, Konan, Itachi,Kisame,Sasori,Deidara,Hidan,dan Kakuzu menyerang Desa Konoha. Naruto dan teman-temannya berhasil mengalahkan mereka. Tapi, mengapa anggota akatsuki yang telah mati itu kembali lagi dan menyerang konoha? Mistery muncul, akan tetapi semua shinobi memuji Naruto dan kawan-kawan yang telah menyelesaikan misi berbahaya. Bagaimanapun juga, Naruto yang tidak mengetahui tentang orang tuanya tetap merasa kesepian. Disaat-saat seperti itu, tiba-tiba pria bertopeng yg dulu mengendalikan kyubi kini kembali ke konoha. Genjutsu Misterius dari pria bertopeng ini menyerang Naruto dan Sakura serta 11 konoha lainnya.
Sekarang, ambisinya yang mengerikan telah terkuak. Apakah target pria bertopeng adalah kyubi? Jebakan dan konspirasi telah dilancarkan kepada Naruto,Sakura, dan shinobi konoha lainnya. Pertarungan yang sangat sengit tak dapat dihindari ! Movie telah sampai pada klimaksnya.
