Nabari no Oubercerita tentang Rokujo Miharu orang yang pendiam dan apatis namun jahil . Kehidupan biasa miliknya hancur ketika dia mengetahui bahwa ada Hijutsu di dalam tubuhnya , yang bernama “Shinrabanshou” . Hijutsu adalah teknik rahasia ninja terkuat yang pernah ada . Teman sekelasnya , Aizawa Kouichi dan gurunya Kumohira Thobari Durandal , mengajak dia untuk bergabung dalam asosiasi mereka , yaitu Klub Ninja .
Karena kekuatan besar miliknya , dia pun diincar oleh berbagai ninja dari desa-desa ninja . Musuh mereka yang paling berat adalah Kairoshuu karena Kairoshuu memiliki Kinjutsu (teknik ninja terlarang) yang sangat kuat . Pertarungan untuk menjadi Penguasa Nabari pun dimulai kembali .
