Medaka Box bercerita tentang Kurokami Medaka, Murid tahun pertama, terpilih sebagai Presiden Dewan Mahasiswa, dan hal pertama yang dilakukannya adalah membentuk suatu kotak saran, kemudian dijuluki oleh siswa “Medaka BOX”. Medaka mendorong siswa untuk mengajukan masalah ke kotak tanpa ragu-ragu dan berjanji untuk mengambil setiap masalah dari siapapun. Sejak Medaka memenangkan pemilihan Dewan Mahasiswa dengan 98% jumlah suara, dia berakhir sebagai satu-satunya anggota Dewan. Dia meminta teman masa kecilnya, Hitoyoshi Zenkichi untuk membantunya tapi dia tidak mau..apakah kelajutanya silahkan tonton sendiri..
Medaka Box Abnormal Sebuah sekolah yang diperuntukan untuk meningkatkan kemampuan siswa diatas manusia normal dan sekarang Medaka Kurokami mengetahui bahwa dirinya lebih dari manusia biasa. Tapi itu hanya awal dari seri baru ini sebuah rencana rahasia yang mengejutkan mengarah ke percobaan yang mengerikan terjadi di sekolah tempat Medaka belajar, Perang God Mode antara orang-orang yang dimodifikasi mungkin mampu menghancurkan sekolah itu. Bagaimana Medaka menghentikan percobaan gila yang dilakukan di sekolah tersebut!
