Maria Holic cerita dari anime ini berpusat pada seorang gadis bernama Miyamae Kanako . Dia pindah ke sekolah baru yang di khusus kan untuk perumpuan . Dengan niat mengikuti jejak kedua orang tua nya yang saling bertemu di Sekolah Ame no Kisaki . Dia adalah seorang yang energik dan seorang yang memiliki sifat yang aneh .
Ketika dirinya sampai di sekolah baru nya , dia bertemu dengan dua gadis manis dan baik hati bernama Shidou Mariya dan pembantu pribadi nya Shinouji Matsurika . Kanako sangat senang ketika bertemu dengan mereka berdua dan dirinya pun mulai naksir kepada Mariya . Dia yakin kalau Mariya adalah jodoh yang dia cari di sekolah tersebut . Setelah sampai di asrama nya dirinya pun berjanjian ketemu dengan Maria yang akan mengajak keliling di sekolah barunya . Tapi dia pun harus mengubur semua impiannya tentang Maria , ketika dia mengetahui kalau mariya adalah seorang Laki-laki yang sedang menyamar di sekolah khusus prempuan . Karena suatu alasan Mariya harus menjadi seorang perumpuan dan sekolah di Ame no Kisaki . Hal tersebut pun membuat Kanoko menjadi sangat depresi dan tidak percaya apa yang terjadi . Kanako yang sempet melaporkan Mariya ke pihak sekolah pun terpaksa tutup mulut karena Mariya memiliki sifat asli yang tidak baik dan suka mengerjai seseorang .
Karena Mariya tidak ingin penyamaran nya terbongkar oleh kanako , dia pun pindah menjadi temen satu kamar dengan Kanako . Kanako pun semakin depresi karena nya , harus sekamar dengan seorang laki-laki apalagi dia memiliki sifat yang cukup jahat . Di perburuk lagi kanoko alergi dengan laki-laki , setiap bersentuhan atau dekat dengan laki-laki dirinya akan gatal-gatal dan pingsan . Jadi gimana kah nasib kanako di sekolah barunya ? Apakah dia akan menemukan jodoh seperti kedua orang tua nya ?
