Mahou Shoujo Madoka★Magica bercerita tentang Madoka Kaname dan Sayaka Miki adalah gadis sekolah menengah dengan kehidupan biasa, tapi semua itu berubah saat mereka bertemu Kyuubey, familiar magis seperti kucing dan Homura Akemi, murid transfer baru.
Kyuubey menawarkan proposisi: dia akan memberikan satu dari keinginan mereka dan sebagai gantinya, mereka masing-masing akan menjadi Mahou Shoujo, mendapatkan cukup kekuatan untuk mewujudkan impian mereka. Namun Homura, seorang Mahou Shoujo menyuruh mereka menolak tawaran tersebut.
Sebuah kisah harapan, keputusasaan, dan persahabatan, Mahou Shoujo Madoka ★ Magica berurusan dengan kesulitan menjadi Mahou Shoujo dan banyak harga yang harus di bayar untuk mencapai tunjuan mereka.
