Magic Kaito bercerita tentang Kaito Kuroba , seorang mahasiswa remaja yang normal yang ayahnya sering absen karena alasan didefinisikan samar-samar . Ketika ayahnya meninggal secara misterius , dia dibuat sadar identitas rahasia ayahnya yaitu seorang penjahat internasional yang terkenal dikenal sebagai International Criminal 1412 . Pencuri phantom, dan bahwa ia dibunuh oleh sebuah organisasi misterius karena menolak untuk membantu mereka dalam mengambil “Pandora Gem” , batu mistis dikatakan meneteskan “air mata” selama berlalunya komet tertentu, konsumsi yang menganugerahkan keabadian .
Dia bersumpah untuk mencegah organisasi dari mendapatkan keabadian dan mengasumsikan identitas ayahnya saat ia mulai pencariannya untuk permata. Hanya petunjuk-Nya untuk lokasi permata ini adalah bahwa hal itu bersinar merah di bawah bulan purnama dan bahwa itu adalah doublet: permata tersembunyi dalam permata yang lebih besar. Dengan demikian, itu akan menjadi salah satu yang relatif besar dengan sejarah yang aneh, dan selalu disimpan di tempat yang tidak pernah menerima cahaya bulan. Dia dengan demikian penelitian dan mencuri permata yang tak ternilai yang terkenal dengan sejarah yang aneh dari daerah membela sangat baik-dan selalu mengembalikan mereka setelah bulan purnama berikutnya.
