Di dunia Maburaho, semua orang terlahir dengan kemampuan untuk menggunakan magis dan dengan demikian diberi label penyihir. Memiliki kakuatan sihir paling rendah di Akademi Aoi, Kazuki Shikimori dipandang rendah oleh teman-teman sekelasnya dan dipandang sebagai orang yang hampir tak berguna. Namun, garis keturunannya terdiri dari banyak penyihir hebat sepanjang zaman, yang berarti bahwa meski dia mungkin bukan penyihir hebat, keturunannya nanti bisa kemungkinan bisa menjadi penyihir yang hebat karena memiliki gen penyihir yang bagus.
Hal ini menyebabkan dia dicari oleh tiga wanita muda yang berbeda: Yuna Miyama, seorang siswa transfer yang menyatakan dirinya sebagai istrinya pada saat kedatangan, Rin Kamishiro, seorang wanita degan pandangan sombong dari keluarga tradisional yang ingin membunuhnya sehingga dia bebas untuk mengejarnya. Dan Kuriko Kazetsubaki, anggota keluarga berpengaruh yang terus-menerus mencoba merayunya untuk bisa mendapatkan gennya.
