Last Exile Ceritanya berpusat pada dua pilot Van yaitu Claus Valca dan navigator Lavie Head, yang menerbangkan van mereka sebagai kurir langit di negara Anatoray. Biasa nya mereka selalu mengambil misi yang mudah tapi pada suatu hari mereka mengalami sebuah musibah di perlombaan Van di kota nya. Mereka berdua secara tidak sengaja harus menyelesai kan sebuah misi kelas atas dari kurir yang sedang sekarat. Misi nya adalah membawa seorang gadis muda bernama Alvis Hamilton ke kapal perang misterius Silvana.
Claus dan Lavie berusaha membawa Alvis ke silvana dengan cara diam-diam, karena mereka di kejar terus oleh sebuah pasukan misterius. Ketika mereka berdua hampir mati, orang dari Silvana menyelamatkan mereka dan membawa Alvis. Mereka berdua yang merasa khawatir dengan Alvis menerobos masuk kedalam Silvana. Pada awal nya mereka di anggap sebagai penggangu dan di rendahkan oleh orang-orang yang ada di Silvana. Lama kelamaan Claus dan Lavie berjuang bersama dengan Silvana dalam melawan kejahatan yang ada di dunia ini. Silvana adalah sebuah kapal perang lagenda yang tidak pernah jatuh di berbagai medan pentempuran. Captain di kapal tersebut adalah Alexander Row yang menjadi sebuah lagenda dalam langit. Bagaimana kelanjutan kisah mereka?
