Kurokami The Animation bercerita tentang Siswa SMA Ibuki Keita telah dihantui oleh kemalangan. Tanpa alasan yang jelas, semua orang di sekitarnya meninggal tragis. Pada akhirnya, ia menolak untuk terlalu dekat dengan siapa pun, bahkan dengan teman masa kecilnya Akane. Hal ini membuat Keita sendirian di kehidupan yang penuh kesengsaraan dan dihina.
Saat makan ramen favoritnya di suatu malam, Keita bertemu dengan seorang gadis muda yang aneh bernama Kuro. Kuro memiliki kemampuan yang melampaui manusia normal, Kuro menyebut dirinya sebagai Mototsumitama. Dia menjelaskan kepada Keita tentang ” Terra” yang merupakan kekuatan energi yang sama dari tiga orang, “Sistem Doppeliner” merupakan fenomena global yang disebut sebagai Mototsumitama, Kuro adalah orang yang melindungi aliran Terra di seluruh dunia. Keita tidak percaya yang dia ceritakan, sampai ia terjebak dalam baku tembak bersama dia. Di ambang kematian, ia membuat kontrak dengan Kuro, tanpa mengetahui akibatnya. Sekarang dia terikat dengan Kuro, dan harus bersama dia setiap saat. Apakah kemalangan keita akan bertambah?
