Koutetsujou no Kabaneri (Kabaneri of the Iron Fortress) dunia berada di tengah revolusi industri besar-besaran saat makhluk mengerikan muncul dari sebuah virus misterius yang mengerikan . Mereka memakan daging manusia dan mengejar siapa saja yang ada di depannya . Satu-satunya cara untuk membunuh makhluk ini , yang dikenal sebagai “Kabane” adalah dengan menghancurkan hatinya yang berlapis baja . Namun , jika digigit salah satu monster ini mereka akan berubah menjadi Kabane (seperti Zombie gitu) .
Di anime ini cerita berfokus pada Ikoma seorang teknisi kereta yang sangat menyukai meneliti Kabane dan menelitinya . Naas pada suatu hari tempat tinggal yang dia tinggali berhasil di terobos oleh sekelompok Kabaneri yang berhasil membajak Kereta dan menerobos tembok kota mereka . Dapatkah Ikoma bertahan dari serangan Kabane yang menyerang kotanya .