Mobile Suit Gundam 00 The Movie: A Wakening of the Trailblazer melanjutkan kisah dari series tv nya. Berlatar dua tahun sesudah season kedua seri TV-nya berakhir. Pemerintahan Federasi telah mampu mengatasi konflik-konflik yang terjadi di Bumi. Tapi lalu datang ancaman dari luar angkasa dalam bentuk semacam spesies alien misterius yang disebut ELS (Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters—‘logam-hidup perubah wujud dari luar Bumi’ ). ELS datang dengan menggunakan puing-puing kapal eksplorasi Jupiter yang diyakini telah terbengkalai berpuluh tahun sebelumnya. Bangkai kapal ini dihancurkan dalam sebuah misi oleh perwira Innovator pertama yang diakui Federasi, Descartes Shaman, dengan menggunakan mobile armor yang sangat kuat, Gadalezza. Tapi tindakan penghancuran tersebut malah menjadi pemicu sampainya ELS ke Bumi.
ELS yang telah hadir kemudian mengasimilasi warga-warga Bumi yang gelombang otak kuantum-nya telah bangkit sebagai pengaruh dari penyebaran partikel GN. Dengan kata lain, para korban adalah orang-orang yang telah mengambil langkah pertama dalam evolusi untuk menjadi kaum Innovator. Untuk suatu alasan tertentu, ELS juga akan mengambil wujud Ribbons Almark—tokoh antagonis utama dalam seri TV—pada saat mereka berkeliaran dalam bentuk manusia di muka Bumi. Kenyataan ini tentu saja membuat syok Setsuna F. Seiei, sang tokoh utama, dan membuatnya bertanya-tanya tentang apa makna kedatangan mereka.
Gelombang kedatangan ELS berikutnya lalu mulai terlihat dari Jupiter. Kepanikan massal global merebak, lalu kekacauan mencapai puncaknya saat Descartes beserta timnya malah menjadi korban pertama, Mereka yang jatuh saat gelombang kedatangan ini gagal diintersepsi Federasi. Menghadapi situasi genting yang telah diramalkan ini, kelompok paramiliter rahasia Celestial Being akhirnya kembali bertindak. Sesudah mengutus Lockon Stratos untuk menjemput dua personil mereka, Allelujah Haptism dan Marie Parfacy. Dari ancaman ELS di Mongolia (akibat ketertarikan mereka terhadap gelombang otak kuantum Marie). Celestial Being bergabung bersama militer Federasi. Dalam mempertahankan Bumi terhadap ELS sekaligus berusaha memahami warisan sesungguhnya yang Aeolia Schenberg telah tinggalkan bagi mereka. –
