Kanokon bercerita tentang Kouta yang memiliki masalah denghan Youkai (mahluk gaib) yang berupa siluman wanita. Untuk beberapa alasan, dia terus menarik perhatian (dan kasih sayang) roh binatang!
Setelah menghabiskan sebagian besar hidupnya di negara ini, Kouta sangat gugup saat dia pindah dengan neneknya untuk bersekolah di kota besar. Dia berharap bisa memberi kesan yang baik, namun memiliki Chizuru, roh rubah yang indah, yang menggantung dari lengannya sepertinya bukan citra yang dia inginkan. Dia juga tidak sendirian dalam cintanya pada Kouta. Nozomu, roh serigala, dan juga youkai lainnya memiliki pandangan mereka terhadap anak laki-laki negara yang malang itu.
