Monster aneh seperti Godzilla yang disebut “kaijuu” telah muncul di seluruh Jepang selama bertahun-tahun. Untuk memerangi binatang buas ini, unit militer elit yang dikenal sebagai Korps Pertahanan mempertaruhkan nyawa mereka setiap hari untuk melindungi warga sipil. Setelah makhluk terbunuh, “penyapu” — yang bekerja di bawah Professional Kaijuu Cleaner Corporation — dibiarkan membuang sisa-sisanya.
Kafka Hibino, seorang pria berusia 32 tahun, tidak puas dengan pekerjaannya sebagai penyapu. Sejak usia muda, ia telah bercita-cita untuk bergabung dengan Korps Pertahanan dan membunuh kaijuus untuk mencari nafkah. Namun, setelah beberapa kali gagal, ia menyerah pada mimpinya dan mengundurkan diri pada keadaan biasa-biasa saja yang memberikan gaji yang layak. Namun demikian, ketika seorang rekrutan ambisius berusia 18 tahun bernama Leno Ichikawa bergabung dengan tim kebersihannya, Kafka sekali lagi diingatkan akan keinginannya untuk bergabung dengan militer.
Setelah serangkaian peristiwa malang dan interaksi dengan penyapu junior, Kafka bertemu dengan kaijuu tipe parasit yang memaksa masuk melalui mulutnya — mengubahnya menjadi
