Setelah penghentian MMORPG realitas virtual yang sangat populer “The World,” versi baru dari game tersebut—The World R:2—dibawa online. Pada hari pertamanya dalam permainan, pendatang baru Haseo berpikir dia telah membuat beberapa teman untuk dicari. Namun, seolah mengejek sentimennya, mereka membunuh karakternya hanya untuk bersenang-senang. Untungnya, dia diselamatkan oleh pemain misterius berlengan satu bernama Ovan yang menawarkan untuk menunjukkannya di seluruh Dunia.
Bersama Ovan dan teman ulamanya Shino, Haseo menikmati tahun pertama yang luar biasa dalam permainan. Namun kehidupan damai ini hancur ketika karakter Shino dibunuh oleh sosok familiar yang terkenal bernama Tri-Edge, yang korbannya semuanya mengalami koma di dunia nyata. Dalam kemarahan, Haseo bersumpah untuk menemukan Tri-Edge yang sulit dipahami dan membunuhnya.
Berlangsung selama tahun pertama Haseo di The World, .hack//Roots mengeksplorasi persahabatan yang dibangun Haseo dalam game sebelum Tri-Edge merobeknya.
