Kanenone Gakuen adalah sekolah asrama yang semua laki-laki yang terletak di pedesaan Jepang. Meskipun sekolah semua siswanya laki-laki adalah hal yang baru, hidup dapat menjadi sangat sulit ketika tidak ada siswa perempuan untuk mil di sekitar. Dalam rangka membantu kesehatan psikologis setiap orang yang terlibat, dewan sekolah telah memutuskan untuk mencoba dan bergabung dengan sekolah asrama semua-gadis terdekat untuk menjadi co-ed. Anak-anak dari Kanenone lebih dari senang di prospek, dan gadis-gadis ingin tahu bagaimana kehidupan sekolah yang menarik mungkin menjadi jika ada lebih anak laki-laki di sekitar. Sebelum keputusan serius yang dibuat, gadis-gadis telah diundang untuk tinggal di Kanenone selama satu bulan sebagai ujian.
Green Green berikut Yuusuke Takazaki dan kamar teman-teman nakal yang disebut Baka (Idiot) Trio, dan kemampuan mereka untuk berbicara dengan gadis-gadis tanpa membuat orang-orang bodoh lengkap dari diri mereka sendiri. Tapi begitu bus sekolah dengan gadis-gadis tiba, hal-hal menjadi aneh, hormonal, dan histeris. Secara khusus, seorang gadis bernama Midori Chitose melompat dari bus dan langsung merangkul Yuusuke sangat bingung. Apakah ia seorang pria wanita alami, atau dua dari mereka memiliki sejarah bersama bahwa ia tidak sadar?
