Menjelang akhir periode Edo di dunia Gintama, spesies asing yang ekstra-terestrial kolektif disebut Amanto (天人) turun ke bumi, dan tidak lama setelah itu, diadakan perang yang disebut Perang Joui. Banyak samurai dan Joui patriot yang tergabung dalam laga ini untuk mengusir Amanto. Namun, militer luar biasa yang Amantos ‘mungkin, ditambah dengan lemahnya Bakufu pemerintah, menyebabkan pengajuan lemah lembut dari Keshogunan berkuasa, sehingga memungkinkan Amantos untuk menyerbu bumi dengan mudah. Pemerintah Bakufu menjadi pemerintahan boneka Amantos ‘, dan sejak saat itu, para Amantos mampu angkuh menyusuri jalan-jalan Edo. Di sisi lain, para pemberontak Joui yang berperang melawan Amantos menjadi target operasi pemerintah Bakufu. Sebagai bagian dari kampanye penindasan, larangan membawa pedang di publik dilakukan, dan samurai sampai sekarang gagah berani kehilangan semangat juang mereka.
20 tahun setelah datangnya Amantos, remaja dengan nama Shimura Shinpachi terlihat bekerja di kantin yang jauh bertentangan dengan keinginannya. Dia mewarisi dojo dari mendiang ayahnya namun memiliki pelatihan pedang yang sangat terbatas, sehingga tidak mampu untuk menyadarkan sekolah keterampilan pedang. Meskipun seorang anak muda, ia masih percaya dengan semangat kuno samurai. Pada titik ini, karakter yang luar biasa muncul di hadapannya, karakter yang masih mencerminkan semangat samurai kuno. Shimura Shinpachi memutuskan untuk bekerja bersama Sakata Kintoki Gintoki yang disebut Yorozuya untuk mempelajari semangat samurai. Tidak lama setelah itu, seorang Amanto dari Yato dengan nama Kagura dan Inugami dalam bentuk anjing besar, diberi nama Sadaharu oleh Kagura, bergabung dengan Yorozura.
Dan dengan demikian, Yorozuya, yang terlibat dengan pekerjaan aneh di Edo, Shinsengumi yang bertanggung jawab atas hukum dan ketertiban di kota, dan kawan-kawan masa lalu Sakata Gintoki, bersentuhan dengan segala macam orang dan Amantos sebagai banyak petualangan mereka
