Pada masa lalu terjadi benca yang sangat besar, yang dikenal sebagai Invertia, menyebabkan perubahan lengkap dalam keseimbangan kekuatan di dunia. Pada beberapa tahun setelah bencana ini, kelompok yang dikenal sebagai Yayasan Kekuatan Super. Selain perubahan besar ini, generasi baru manusia lahir dengan keterampilan fisik yang luar biasa dikenal sebagai Genestella juga muncul dan bergabung dengan manusia lainnya.
Gakusen Toshi Asterisk berikut cerita Ayato Amagiri, seorang mahasiswa yang baru saja ditransfer ke salah satu dari enam sekolah paling elit untuk siswa Genestella di dunia-Seidoukan Academy-mana siswa belajar untuk mengendalikan kekuatan dan duel mereka terhadap satu sama lain dalam pertempuran hiburan dikenal sebagai festas. Sayangnya, Ayato mendapat ke awal yang kasar. Ketika mencoba untuk kembali saputangan kalah teman sekelas perempuan, ia sengaja melihat perubahan nya yang mengarah padanya menantang dia untuk berduel. Apa yang kebanyakan orang tidak menyadari bagaimanapun, adalah bahwa Ayato tidak memiliki kepentingan nyata dalam festas dan sebagai gantinya memiliki motif alternatif untuk bergabung sekolah bergengsi ini. Apa rahasia besar Ayato ini? Apakah dia bisa menjaga tindakan ketika dikelilingi oleh beberapa Genestella terbesar di dunia?
