dari segi cerita versi 2009 dengan Brotherhood tidak beda jauh. Hanya saja versi 2003 di buat tamat ketika manga nya masih berlangsung. Karena hal tersebut ada perbedaan beberapa bagian di akhir cerita karena berbeda dengan versi manga. Walaupun ending nya sama saja dengan versi Brotherhood dan manga nya. Ini juga yang membuat FMA di buat versi Brotherhood setelah mereka mendapatkan penghargaan sebagai animasi terbaik. Di versi 2009 nya penyiaran nya bukan hanyak di tayangkan di Jepang tapi juga di amerika dan beberapa negara di eropa. Ya seperti itu aja, bagian yang mau download buat koleksi silahkan saja haha
Di dunia ini terdapat alchemist, orang yang mempelajari dan melakukan seni alkimia transmutasi-untuk memanipulasi objek dan mengubah satu objek ke yang lain . Mereka dibatasi oleh hukum dasar alkimia dalam rangka untuk mendapatkan sesuatu yang berharga harus mengorbankan sesuatu dari nilai yang sama . Karakter utama adalah alchemist terkenal Edward Elric yang dikenal sebagai Fullmetal Alchemist yang hampir kehilangan adiknya , Alphonse , dalam kecelakaan alkimia . Edward berhasil mentransmutasi jiwa adiknya kedalam baju Jiarah . Sementara ia berhasil menyelamatkan nyawa kakaknya , dia membayar dengan harga yang mengerikan yaitu anggota badannya . Untuk mendapatkan kembali tubuh nya , kedua saudara ini memulai perjalanan untuk menemukan Batu Bernama Philosoperstone .
