bercerita pada dua puluh tahun sebelum cerita ini di mulai , sebuah asteroid menuju Bumi menghancurkan Pluto . Karena penghancuran Pluto yang di sebabkan asteroid tersebut akhirnya dijuluki Thanatos . Sekarang untuk menghindari kehancuran yang terjadi di Bumi , International Development Agency (ISDA) bekerja pada “Proyek D” dan menciptakan “Dragonaut” setelah menemukan telur naga di bawah lautan . Tujuan utama senjata ini adalah menghancurkan asteroid saat waktunya tiba . Namun , mereka segera mengetahui bahwa asteroid itu bukan satu-satunya ancaman mereka , karena makhluk mirip Naga yang kuat serta perusak yang secara tiba-tiba muncul di bumi .
Setelah menyaksikan pembunuhan oleh monster tersebut , Jin Kamishina seorang anak laki-laki berusia 18 tahun yang kesepian dan kehilangan keluarganya dalam kecelakaan pesawat dua tahun lalu , terlibat dalam misteri naga dan menjadi pilot Naga yang terpilih . Membantu dia dalam perjalanannya adalah Toa , seorang gadis misterius yang menyelamatkannya dari jatuh ke kematiannya setelah makhluk itu menyerangnya . Saat mereka semakin dalam memasuki misteri naga , mereka bertemu dengan teman dan musuh baru .
