Dunia Digital dalam keadaan perang , dengan Tentara Bagra yang jahat berusaha mengumpulkan fragmen-fragmen Kode Mahkota . Siapa pun yang berhasil mengumpulkan semua 108 fragmen akan menjadi “Raja Dunia Digital” . Kelompok jahat Digimon , yang dikenal sebagai Tentara Bagra , bertekad untuk mendapatkan Crown Crown Kode mereka .
Digimon Xros Wars berpusat pada Taiki Kudou , seorang anak SMA yang menyukai sepak bola dan dia juga sangat pedui pada orang lain . Ketika keluar bersama teman-temannya Akari Hinomoto dan Zenjirou Tsurugi pada suatu hari , dia mendengar sebuah suara memanggil minta tolong . Mereka menghampiri sumber suara tersebut dan lalu bertemu dengan Digimon yang bernama Shoutmon yang telah terluka . Dengan menggunakan kekuatan perangkat khusus disebut “Xros Loader” , Taiki berhasil menyelamatkan nyawa Shoutmon , namun ditarik ke Dunia Digital bersama Akari dan Zenjirou .
Bertekad untuk menyelamatkan dunia Digital dari orang-orang yang ingin merusaknya Kudou berusaha memaksimal mungkin untuk mengalahkan semua musuh yang menghalangi tekat nya dan menghentikan Tentara Bagra yang tentunya di bantu oleh teman-temannya dan Digimon .
