Kehilangan orang yang dicintai begitu menyakitkan sehingga seseorang terkadang ingin dapat membangkitkan mereka — kelemahan yang dieksploitasi oleh Earl Milenium yang penuh teka-teki. Untuk membuat senjata mekanisnya dikenal sebagai “Akuma,” ia menggunakan jiwa orang mati yang dipanggil kembali. Setelah jiwa ditempatkan di Akuma, ia terjebak selamanya, dan satu-satunya cara untuk menyelamatkan mereka adalah dengan mengusir mereka dari kapal mereka menggunakan senjata Anti-Akuma, “Innocence.”
Setelah menghabiskan tiga tahun sebagai murid Jenderal Cross, Allen Walker dikirim ke Black Order — sebuah organisasi yang terdiri dari mereka yang bersedia melawan Akuma dan Millennium Earl — untuk menjadi Exorcist resmi. Dengan lengan sebagai Kepolosannya dan mata terkutuk yang dapat melihat jiwa-jiwa yang menderita di dalam Akuma, terserah Allen dan rekan-rekan Exorcist-nya untuk menghentikan plot pamungkas Millennium Earl: yang dapat menyebabkan kehancuran dunia.
