Suatu hari, saat sedang didalam bis, Sakurakouji Sakura melihat keluar jendela, dan sangat terkejut, dirinya melihat sekelompok orang terbakar dengan seseorang seumurannya ditengah tengah kelompok tersebut.
Ke’esokan harinya Sakura yang berangkat kesekolah mendatangi tempat terjadinya kejadian semalam, dan disana tidak ada tanda tanda bekas pembunuhan, hanya ada bekas api kecil disekitar sana. Dia pun melanjutkan berangkat kesekolah, sampai disana dia bertemu dengan seorang siswa pindahan yang bernama Oogami Rei, yang ternyata dia memiliki wajah yang sama dengan orang yang semalam Sakura lihat di tempat kejadian. Terlebih lagi, Rei kelihatannya adalah siswa yang misterius, dia mengenakan sebuah sarung tangan hitam di tangan kirinya, seperti menyembunyikan sesuatu.
Ternyata Rei adalah seorang Code Breaker, seseorang yang memiliki kemampuan supranatural. Dirinya adalah pembunuh yang memiliki prinsip “Mata untuk Mata”, yang artinya kejahatan di gunakan untuk melawan kejahatan. Tapi Sakura tau bahwa Rei bukanlah orang jahat dan mencoba untuk memahami perasaannya untuk menembus hatinya yang dingin.
