Ketika musim panas tiba untuk siswa di UA Academy, masing-masing superhero ini dalam pelatihan menempatkan dalam upaya terbaik mereka untuk menjadi pahlawan terkenal. Mereka menuju ke kamp pelatihan hutan yang dijalankan oleh pahlawan pro UA, di mana para siswa saling berhadapan dalam pertempuran dan melalui tes berbahaya, meningkatkan kemampuan mereka dan mendorong melewati batas mereka. Namun, perjalanan sekolah mereka tiba-tiba terbalik ketika Liga Penjahat tiba, menyerbu kamp dengan misi untuk menangkap salah satu siswa.
Boku no Hero Academia 3rd Season mengikuti Izuku “Deku” Midoriya, sebuah pelatihan siswa yang ambisius untuk mencapai impiannya menjadi pahlawan yang mirip dengan panutannya—All Might. Menjadi salah satu siswa yang terjebak di tengah kekacauan serangan penjahat, Deku harus mengambil sikap dengan teman-teman sekelasnya dan berjuang untuk kelangsungan hidup mereka.