Mahou Shoujo Tokushusen Asuka berpusat pada Ootorii Asuka yang pada kejadian beberapa tahun yang lalu dirinya adalah seorang pahlawan . Karena invasi Disas yang merupakan makhluk misterius yang tiba-tiba muncul dan membunuh banyak manusia . Ketika umat manusia berada di ujung kekalahan, mereka di selamat kan oleh 10 pasukan magis mahou shoujo . Salah satu dari mereka yang bertempur melawan bos terakhir Disas adalah Asuka .
Asuka yang selamat dari kejadian mengerikan beberapa tahun yang lalu memutuskan untuk menjadi gadis biasa lagi . Dia mulai berteman dengan beberapa orang di sekolah baru nya, walaupun terkadang dirinya sadar . Kalau sebuah perdamaian itu tidak akan pernah bertahan lama dan mungkin akan mengambil korban . Ketika dirinya sudah mulai nyaman dengan kehidupan seperti gadis biasa ada sebuah Disas yang telah lama tidak muncul menyerang kota . Asuka dan beberapa mahou shoujo lainnya mulai mengalahkan monster tersebut dan menyelidiki apa yang terjadi di balik ini semua. Gimana kelanjutan kisah Asuka yang untuk kedua kali nya berusaha melindungi dunia ini?